La CNTC está articulada en torno al Congreso Nacional Ordinario y cuenta con los órganos de dirección según los estatutos en el orden jerárquico de la forma siguiente: Consejo Nacional Ampliado, Consejo Nacional, Junta Directiva Nacional, Asambleas Regionales, Juntas Directivas Regionales, Asambleas Sectoriales, Juntas Directivas Sectoriales, Asambleas de Bases y Juntas Directivas de las bases Campesinas afiliadas.
El Congreso Nacional Ordinario:
Es la máxima autoridad y está integrada por un representante de cada organización de base que pertenece a la CNTC. El Congreso Nacional se realiza en forma ordinaria cada 4 años y elije a los miembros de la Junta Directiva Nacional y toma los más importantes acuerdos.
Consejo Nacional Ampliado (CNA):
Este órgano directivo lo integran todas las Juntas Directivas Regionales y la Junta Directiva Nacional y sus funciones se limitan a tratar temas extraordinarios que la Junta Directiva Nacional considera de gran importancia a debatir y a ratificar las decisiones del Consejo Nacional. Su periodicidad es anual.
Consejo Nacional.
Este órgano directivo lo integran la Junta Directiva Nacional y los Secretarios Generales de todas las regiones (14). Se realiza una vez al año y la Junta Directiva comparte y socializa la toma de decisiones más relevantes del último mandato. Este órgano debate, analiza y valida las decisiones de la Junta Directiva Nacional.
Junta Directiva Nacional (JDN): Es el órgano político-administrativo y de dirección, integrado por 8 miembros electos por el Congreso Nacional con la división de trabajo siguiente:
1.- Secretaría General y Desarrollo Institucional
2.- Secretaría de Organización y Asistencia legal
3.- Secretaría de Actas y Acuerdos
4.- Secretaría de Finanzas
5.- Secretaría de Educación y Capacitación
6.- Secretaría de Género y Desarrollo Social
7.- Secretaría de Desarrollo Empresarial y Forestal
8.- Secretaría de Fiscalización
Esta Junta directiva es la encargada de ejecutar todas las resoluciones que salen del Congreso Nacional y representa a la institución en el ámbito nacional e internacional.
Asambleas Regionales: Están conformadas por los Delegados y Delegadas de las bases campesinas afiliadas a esas Regionales de la CNTC.
Es el órgano de dirección regional elegido por la Asamblea Regional y se reúnen periódicamente según las necesidades. Está formado por 8 miembros que se reparten el trabajo de la misma manera que la Junta Directiva Nacional.
1.- Secretaría General y Desarrollo Institucional
2.- Secretaría de Organización y Asistencia legal
3.- Secretaría de Actas y Acuerdos
4.- Secretaría de Finanzas
5.- Secretaría de Educación y Capacitación
6.- Secretaría de Género y Desarrollo Social
7.- Secretaría de Desarrollo Empresarial y Forestal
8.- Secretaría de Fiscalización
La Asamblea Regional es la máxima autoridad de la región, se convoca cada 4 años y está integrada por un representante de cada organización de base que pertenecen a la región. Actualmente hay 12 Juntas Directivas Regionales que abarcan los 14 departamentos que tiene presencia CNTC en el país.
Asambleas Sectoriales: Están conformadas por los Delegados y Delegadas de las bases campesinas afiliadas a la CNTC de un sector de la Regional.
Juntas Directivas Sectoriales (JDS):
Es considerado como un órgano de dirección departamental/regional y sus acciones vienen definidas por la JDR correspondiente. Se crea con la finalidad de articular el trabajo de las JDR por sectores.
Asambleas de Bases: Esta conformado por los Socios y Socias de una base campesina afiliada a la CNTC donde la CNTC tiene cobertura.
Juntas Directivas de Bases (JDBs):
Es el órgano de dirección dentro de las bases campesinas (cooperativas, empresas asociativas campesinas y cajas de ahorro y crédito y comunidades indígenas) elegido a través de una Asamblea propia. Esta Asamblea es la autoridad más grande y de poder dentro de las organizaciones de base y la integran todos los miembros del grupo.
La JDB está formada por 5 personas y se reúnen con una periodicidad de 2 veces al mes aproximadamente.
1.- Presidente(a).
2.- Vice-Presidente(a).
3. Secretario( a).
4.- Tesorero (a)
5.- Fiscal
Si es una Comunidad Agraria (no se ha convertido en EACP) tiene las mismas Secretarias que la Junta Directiva Nacional, Regionales y Sectoriales.